My recent note-taking workflow for single articles using Obsidian, Zotero, and Claude code
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1 主要流程
上个月见到皋老师,被种草了obsidian+zotero记单篇笔记的方法,感觉超级方便啊!结合导导的教程和社媒经验帖,摸索调整后形成了适合自己的流程_(:з」∠)_
我的需求大致如下(如果一致可以参考!):
- 贫苦的zotero用户(勉强充了2G但根本不够啊😿)我不太习惯在zotero里看论文,也懒得标多颜色highlight。zotero对我而言的主要用途是自动规范citation format,提供bibtex和论文的一些meta data。
- 我有一个固定的内容模板(按常见的human factors论文分成了4类),里面有些内容是比较固定的,AI完全可以整理,但是需要我核查、以及需要明确链接到pdf中具体的位置,还有些评论内容是需要自己填的。即我需要:AI一口气按我模板总结->我调整+补充。
- 我不太需要跟AI迭代着看论文记笔记(需要迭代的朋友可以看看llm-for-zotero之类工具)。
- 可能过段时间需要整理多个笔记,比如按不同维度(例如归属项目、主题、方法等)来归类。
我的笔记模板大致包括三类内容:
- 文献bib等meta data
- 常规研究过程(研究问题、重要概念、方法结果等)
- 自己的瑞平(可以借鉴的、想吐槽的、受启发的新内容等)
内容1和2主要是为了今后自己或AI搜索方便而整理的,写下内容3的过程才是对自己理解论文最有帮助的一环……所以我内容1的bib主要靠zotero导入,内容2用AI生成+我审核,内容3自己写。操作步骤如下:
- 准备:常规地把看摘要觉得有用的文献pdf存在自己习惯的位置,并在zotero加一条记录存好meta data。
- 创建一个自动带这篇文章bib的笔记毛坯房:需要开着zotero插件
Better BibTex for Zotero以及obsidian插件Zotero Integration,用提前设置好的一个Import Format功能,能按模板一键创建,导入zotero里存的meta data。 - AI先总结:用顺手的AI coding工具(我现在用的是VSCode的Claude code + deepseek-v4-pro,全球性价比之王!!只能处理文本没有多模态,但是够用了!),让它参考我之前手动创建的笔记,基于pdf文件把毛坯房的固定信息填好。
- 手动调整+评论:我直接在obsidian中开左右两个窗口,一个是笔记,另一个用
PDF++这个插件查看pdf,highlight或者复制的内容,贴到笔记时会创建pdf和笔记之间的链接。最后再写点感悟。 - 未来的多篇总结:有很多论文之后,可以另开笔记,用obsidian 的
dataview从不同角度总结。
2 细节
2.1 关于自动部分(创建毛坯房+AI总结)
2.1.1 模板设置
参考皋老师的模板,不过区别在(1)我没有zotero导入的批注,(2)中间常规研究过程按文献类别区分,(3)按需设置了笔记属性meta data,以及后续在汇总多篇文献时,需要dataview抓哪些信息。

我的模板中有关常规研究过程的部分(主要是方法和结果)分了4类研究类型,选用以下不同的模板。这部分AI确实可以自己选择合适类型,初步填写。

2.1.2 Zotero Integration的设置
zotero插件Better BibTex for Zotero只要装上就完事了,开着就行。但obsidian插件Zotero Integration需要设置一下。这个插件的导入设置里,可以增加2类导入:(1)在citation formats里,可以设置如何在正文里cite论文(类似于zotero word插件),(2)在import formats里,可以设置如何导入论文的bib数据。这里需要用第二类,需要点Add Import Format来新建一个导入笔记的快捷方式(基本copy的皋老师的设置……只不过命名按自己习惯调了调、template换成自己的)。

创建好之后,就可以在笔记中按ctrl + p(win用户),搜“Zotero Integration: CreatLitreNote”,回车后就会蹦出zotero选择文献的bar。选好后就会自动创建出一个基本bib填好的毛坯房啦。
然后,就可以去claude code让它参考我之前手动创建的笔记,基于pdf文件把笔记填好(瑞平部分也可以让它写,因为有时他说的点我可能没关注到也很有启发;觉得ai写得没用可以删掉)。
2.2 关于手动调整+评论
以下截图展示在obsidian中开左右两个窗口的样子。PDF++可以highlight或者复制内容,贴到笔记的同时可以创建pdf和笔记之间的链接。双向链接是伟大的发明!查找起来很方便!

